منذ أيامه الأولى، والمسجد الأقصى يحتضن حركة علمية نشطة تمثلت في تعليم القرآن الكريم والحديث والفقه الإسلامي، غير أن هذا النشاط أخذ بعدا أكثر تنظيما بظهور مصطلح المدرسة كمؤسسة تعليمية تضمن الاستمرارية، وقد كثرت الروايات التي أشارت إلى انتشار المدارس في رحاب الأقصى، مما يدلل على مكانته ودوره في نشر العلوم الإسلامية وصيانتها. ويرتبط انتشار المدارس في الأقصى بالفترة الأيوبية، وقد ازدهر خلال الفترة المملوكية، كما حافظت الحركة العلمية على نشاطها خلال فترة الحكم العثماني. 

قام المجلس الإسلامي الأعلى بتأسيس المتحف الإسلامي عام 1341هـ/1923م، وفي البداية كان مقر المتحف يقع في الرباط المنصوري بالقرب من باب الناظر، ومن ثم انتقل المتحف الى مقره الحالي الواقع في الجزء الجنوبي الغربي من المسجد الأقصى المبارك بالقرب من باب المغاربة.

الخَلْوة هي حجرة صغيرة يكون فيها الإنسان بعيدا عن الناس للانفراد بالنفس، يوجد في المسجد الأقصى 13 خلوة، وتسمى أحيانا (حجرة) أقيمت على جوانب صحن قبة الصخرة، لتكون بمثابة سكن للعلماء إما للراحة أو التعبد والاعتكاف والتفكر وقراءة القرآن. وجميعها بني في العصر العثماني.

على مساحة أربعة دونمات (4000 متر مربع) تنتشر أكوام من الأتربة والحجارة مقابل السور الشرقي للأقصى في القدس بطريقة تشوّه المكان وتحرم المصلين من الاستفادة من مساحته. وملأت هذه الأتربة المنطقة الشرقية منذ تسعينيات القرن الماضي، حيث أُخرجت من المصلى المرواني عندما قام الشيخ رائد صلاح بمعاونة مئات المصلين وإشراف دائرة الأوقاف الإسلامية بترميم المصلى وجعله مؤهلاً للاستخدام بعدما كانت تملؤه الأتربة والأوساخ.