Masjid al-Aqsa al-Mubarak terletak di bahagian tenggara bandar al-Quds (yang dinamakan pada hari ini sebagai Kota Lama). Al-Aqsa merupakan nama bagi seluruh kawasan yang dikelilingi oleh tembok Masjid al-Aqsa, termasuklah semua ruang solat yang terdapat di dalamnya seperti Masjid al-Qibli (yang terletak di bahagian selatan) dan Kubah as-Sakhrah (yang terletak di pusat masjid), ditambah dengan 200 mercu tanda dan bangunan lain seperti masjid-masjid, ruang-ruang solat, kubah-kubah, pintu-pintu gerbang, menara-menara azan, khulwat (bilik yang digunakan para sufi untuk beruzlah), ruwaq (lorong), sekolah-sekolah, sabil (tempat wuduk dan air bersih), masthabah, mihrab-mihrab, mimbar-mimbar, telaga-telaga dan perpustakaan.
